Dementsprechend kommt es auch bei der Verarbeitung bzw. Aufbereitung von Kaffee zu einer Fermentation. Dieser Prozess setzt ganz automatisch in dem Moment ein, in dem die Kirschen geerntet wurden (je nach Luftfeuchtigkeit auch schon mal früher). Die Fermentierung kann dabei den Geschmack von Kaffee verbessern oder zerstören, je nachdem, wie der Kaffeeproduzent das Ganze handhabt. Fermentation ist ein Schlüsselelement bei der Kaffeeverarbeitung und kann auf zwei Arten stattfinden: aerob und anaerob.
Die Art der Fermentierung ist dabei analog zur Aufbereitung der geernteten Kaffeekirschen zu verstehen. Die anaerobe Fermentation findet bei der nassen Aufbereitung statt, die aerobe bei der trockenen – auch natürlich genannten – Aufbereitung. Dabei werden die frisch geernteten Kirschen so wie sie sind in einen Behälter gegeben und den Mikroorganismen überlassen, die sich von ganz alleine bilden. Bei der nassen Aufbereitung werden die Kaffeekirschen (vor oder nach dem Entpulpen) in einen Tank mit Wasser verbracht, wo dann andere Mikroorganismen ans Werk gehen. Die anaeroben Prozesse gelten als gleichmäßiger und leichter zu Überwachen, als die aeroben.
Ganz gleich unter welchen Bedingungen die Fermentation von Kaffee stattfindet, sie dauert im Schnitt zwischen 16 und 25 Stunden. Wobei die natürlich fermentierten Kaffees oft eine höhere Punktzahl beim Cupping erzielen, sodass dieser Art der Fermentierung besonders häufig bei der Verarbeitung von Specialty Coffees genutzt wird. Natürlich fermentierte Kaffees gelten auch als komplexer im Geschmacksprofil und in ihren sensorischen Eigenschaften.
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